リポ多糖中性溶液は室温で数ヶ月保存でき、生物活性は大きく変化しません。 4℃または低温冷蔵庫で保管すると、数年から数十年にわたって生物活性が変化しません。乾燥リポ多糖中性粉末は、生物学的活性を失うことなく、室温または冷蔵庫で数十年以上保存できます。

リポ多糖を室温で酸性溶液に入れると、その分子は部分的に分解します。この変化には主に、多糖とリピド A の間のグリコシド結合の切断、およびリピド A1 とリピド A1 のグルコシド結合の切断が含まれます。加熱するとこの反応が促進されることがあります。強酸溶液は加熱条件下でリポ多糖を完全に破壊します。

アルカリ性因子はリポ多糖分子、主にリピド A 分子に大きな影響を与えます。このとき、リピドA骨格の4位リン酸エステル結合や3位と3位の脂肪酸エステル結合が破壊されやすく、分子が分裂してしまうことがあります。この時点で、分解された分子は典型的なエンドトキシン活性を失います。リポ多糖は強アルカリ条件下では完全に破壊されます。